As moléculas de ADN alvo atravessam a membrana através de um fluxo de vácuo vertical, o que facilita a sua interação com sondas de ADN específicas e complementares imobilizadas na membrana porosa num ambiente tridimensional, em contraste com a tecnologia convencional de dot blot, em que a hibridização ocorre de forma passiva. Isto acelera o processo e aumenta a sensibilidade, reduzindo os volumes de reação e o tempo total de processamento de várias horas para alguns minutos.
Após a ligação entre os amplicões específicos e as sondas correspondentes, o sinal é visualizado por uma reação imunoenzimática colorimétrica com estreptavidina-fosfatase alcalina e o cromogénio NBT-BCIP, que gera precipitados insolúveis na membrana nas posições em que ocorreu a hibridização. O processo é realizado automaticamente na plataforma hybriSpot™ e os resultados são analisados com o software hybriSoft™.