Uma das suas vantagens é a capacidade de preservar a morfologia dos tecidos, facilitando a correlação da informação molecular com a arquitetura celular e tecidular. Além disso, esta técnica é frequentemente utilizada em patologia para analisar a amplificação e a expressão dos genes, bem como as anomalias cromossómicas em amostras de tecidos.
Esta técnica permite a localização e visualização de sequências específicas de ácidos nucleicos em células ou tecidos. Fornece uma representação visual dos acontecimentos moleculares no contexto da estrutura dos tecidos, o que ajuda a compreender os mecanismos das doenças e as potenciais aplicações de diagnóstico.