Entre sus ventajas destaca la capacidad de preservar la morfología del tejido, facilitando la correlación de la información molecular con la arquitectura celular y tisular. Además, esta técnica se utiliza a menudo en patología para analizar la amplificación y la expresión de genes, así como anomalías cromosómicas en muestras de tejido.
Esta técnica permite la localización y visualización de secuencias de ácidos nucleicos específicas dentro de células o tejidos. Proporciona una representación visual de eventos moleculares dentro del contexto de la estructura del tejido, lo que ayuda a comprender los mecanismos de la enfermedad y las posibles aplicaciones de diagnóstico.